当寺は、文禄4年（1595）に正善院日堂上人が江戸八丁堀（現中央区）に堂宇を構え布教したことに始まり、これから約50年後の正保元年（1644）には浅草八軒寺町（現台東区寿）に寺領を移し、長くこの地にあった。ところが昭和20年（1945）3月10日の東京大空襲にあって焼失したため、昭和23年（1948）5月に現在の地に移転・再建したものである。 寺名は、日堂上人が佛門に入る前、中将位にあり、大仙と号していたので、この官名と号から人々が親しみをこめて中将山大仙寺と呼んだことに由来する。 浅草時代のこの寺は、宗門最高寺院の貫主などを多数輩出したことから出世寺と呼ばれた名刹であった。また、学僧の寺としても、役僧の隠居寺としても名高い寺であった。参道入口に柳の大樹のあったところから、通称柳寺とも呼ばれ、また子安鬼子母神の守護寺として庶民の信仰を集めた。
