信長、秀吉、家康、戦国大名が天下統一を目指し各地で戦の烽火が上げられていたころ当山は本立寺としての歴史を刻みはじめた。しかし、その起源については多くの資料に恵まれておらず、確かな日時を特定できないが寺伝によれば1566（永禄9）年の開山とされている。1830年に昌平坂学問所の地理局が編纂し江戸幕府に献上した『新編武蔵風土記稿』の101巻に記された本立寺の記録を参考にすると、寺に伝わる創立年を確定できないまでも大きなずれがないことを知ることができる。


　寺伝には後に身延山久遠寺第17世となる江戸谷中瑞輪寺の住職であった慈雲院日新上人が身延に上られる途上八王子に草鞋を脱ぎ、当地の勢力を持っていた真言宗の寺の住職と激烈なる法論をたたかわせ、最後に釈尊の説かれた『法華経』とそれを身に読み、『立正安国論』等の数々の諌言をもって国の曲がった政治を諌めようと身体を張って国や人々のために殉じた日蓮聖人こそ従うべき師であると説き、その僧を寺ごと日蓮宗に改宗させたのが始まりとされている。真言僧はその時名を本立院日建と改め、本立寺を開創した。


　寺の在った場所を特定することはできないが、寺伝や『新編武蔵風土記稿』によれば天正年間（1573〜1592）、1587年頃までは瀧山城城下にあり、城の主であった北条氏が滝山城から新たに八王子城を築城しそこに移ったことに従い寺も八王子城城下へと移転した。しかし、その八王子城も完成を見ぬまま1590年、全国統一を目指す豊臣秀吉指揮の加賀の前田利家を総大将とする、前田、上杉の軍勢に敗れ落城し、その後現在の八王子市の原形となる八王子の町が形成されるのに伴い慶長元（1596）年現在地へと移った。寺が創立してわずか30年のうちに2度の引越を経験したことになるが、その後は現在に至るまで400年以上、29代の住職が法燈を継承している。（本立寺HPより）